بدأ تاريخ بناء المساجد في السودان منذ عهد الخلفاء الراشدين حيث أن أول بناء مسجد في السودان جاء في عهد الخليفة الراشد عثمان بن عفان في 652 ميلادية عندما حاصر عبد الله بن سعد بن أبي السرح مدينة دنقلا عاصمة دولة المقرة المسيحية وأرغم ملك النوبة المسيحي على توقيع إتفاقية البقط الشهيرة حيث جاء في أحد بنودها.
وعليكم حفظ المسجد الذي أنشأه المسلمون بمدينتكم لا تمنعوا منه مصلينا وعليكم كنسه وإسراجه وتكريمه.
وهكذا كان هذا أول مسجد بني في السودان ثم تلاه مسجد دنقلا العجوز في 9 يونيو 1318م علي يد الملك النوبي المسلم سيف الدين برشنبو كما جاء على حجر تأسيسه والذي لا زال يوجد في الطابق الثاني في المسجد.
مسجد الخرطوم الكبير (مسجد عباس سابقاً) وعباس المقصود هنا هو الخديوي عباس باشا حلمي الذي تولى الحكم في 8 يناير1892م ويقع المسجد في وسط ميدان عباس حالياً (ميدان الأمم المتحدة) وشماله (سراي الحاكم) القصر الجمهوري حالياً وجنوبه السوق ونلاحظ أن موقع المسجد يتوسط مدينة الخرطوم وهذا يؤكد أن مدينة الخرطوم التي أتخذت كعاصمة للبلاد في فترة التركية عام 1830م أنشئت على نسق تخطيط المدن الإسلامية والذي يقع فيها دائما المسجد في الوسط حيث يعتبر مركز المدينة ومحور حركتها وقاسمها المشترك الذي يحتل أهمية كبيرة في تخطيط المدينة العربية القديمة والحديثة فهو يعتبر المحرك لكل حياة المدينة.
ويمكن أن تدرك تخطيط مدينة الخرطوم كمدينة إسلامية نجده في تخطيط وإنشاء مسجد الخرطوم الكبير حيث يعتبر أعلى مبنى في الخرطوم عند إنشائه وهو مبدأ أساسي في العمارة الإسلامية أن لا يعلو أي مبنى علي مبنى المسجد.
وضع حجر الأساس لمسجد الخرطوم في 17 سبتمبر 1900م وتم إفتتاحه عند زيارة الخديوي عباس باشا حلمي للسودان في 4 ديسمبر 1901م والمنطقة التي شيد فيها المسجد هي جزء من مقابر الخرطوم القديمة ويقع المسجد في الجزء الغربي من المقابر ولازالت الحفريات داخل المسجد تخرج عظام بشرية.