مسجد ابن طولون هو مسجد أقامه أحمد بن طولون عام 263 هـ. أنفق أحمد بن طولون 120 ألف دينار في بنائه، وقد اهتم بالأمور الهندسية في بناء المسجد.
مئذنة المسجد هي أقدم مئذنة موجودة في مصر. يعد مسجد ابن طولون المسجد الوحيد بمصر الذي غلب عليه طراز سامراء حيث المئذنة الملوية المدرجة. قام السلطان لاجين بإدخال بعض الإصلاحات فيه، وعين لذلك مجموعة من الصناع، كما أمر بصناعة ساعة فيه، فجعلت قبة فيها طيقان صغيرة على عدد ساعات الليل والنهار وفتحة، فإذا مرت ساعة انغلقت الطاقة التي هي لتلك الساعة وهكذا، ثم تعود كل مرة ثانية. وفي عهد الأيوبيين أصبح جامع ابن طولون جامعة تدرس فيه المذاهب الفقهية الأربعة، وكذلك الحديث والطب إلى جانب تعليم الأيتام. طولون هو أحد المماليك الأتراك الذين أهداهم عامل بخارى إلى الخليفة المآمون، وخدم في البلاط العباسى حتى بلغ مصاف الأمراء، ونشأ ابنه أحمد بن طولون - نشأة الأمراء.
فلما تولى باكباك إمارة مصر من قبل الخليفة العباسي أناب أحمد عنه في ولايتها فقدم إليها سنة 254 هجرية == 868م، ثم حدث أن تولى مصر حميه الأمير ماجور بعد وفاة باكباك فأقره على ولايتها.
وكانت ولاية بن طولون على مصر أول الأمر قاصرة على الفسطاط فقط، أما أمر الخراج فكان موكولا إلى ابن المدير، فما زال أحمد يوسع في نفوذه حتى شمل سلطانه مصر جميعها، وتولى أمر الخراج وتوسع حتى الشام وبرقة مؤسسا الدولة الطولونية التي حكمت مصر من سنة 254 إلى 292 هجرية = 868 إلى 905 م وتوفى سنة 270 هجرية == 884 م وتأتي أهمية أحمد بن طولون من أنه تتمثل فيها النقلة التي انتقلتها مصر من ولاية تابعة لـ الخلافة العباسية إلى دولة ذات استقلال ذاتى.
يعد جامع أحمد بن طولون ثالثَ الجوامع بمصر الإسلامية بعد جامع عمرو بن العاص، وجامع العسكر: الذي زال بزوال مدينة العسكر التي كانت تشغل حيَّ زين العابدين “المدبح حاليًّا”.
ويعد جامع أحمد بن طولون هو المسجد الوحيد الباقي في مصر، الذي لم تتغير معالِمُه، وقد تغيرت معظم معالم مسجد “عمرو بن العاص”، وكذلك جامع الأزهر الشريف بمرور العصور. ويتميز هذا الجامع بزخارفه الإسلامية البديعة التي تَجعله أحد النماذج النادرة للفن الإسلامي والعمارة الإسلامية، وفي عهد الأيوبيين أصبح جامع ابن طولون جامعة تدرس فيه المذاهب الفقهية الأربعة، وكذلك الحديث والطب إلي جانب تعليم الأيتام.
وقد شيّد أحمد بن طولون مسجده على مساحة كبيرة تبلغ ستة أفدنة ونصف فوق جبل يشكر -بوسط مدينته الجديدة القطائع- وقد عرف بهذا الاسم نسبةً إلى قبيلة يشكر بن جزيل من عرب الشام.
وقد بنى أحمد بن طولون مسجده بعد أن شكا الناسُ من ضيق جامع العسكر، فبدأ البناء عام 263هـ - 876م، واكتمل بناؤه عام 265هـ - 879م وفقًا لما جاء باللوحة المثبتة على إحدى دعامات إيوان القبلة بالمسجد.